Le manga nous raconte l'histoire de Ciel Phantomhive un aristocrate anglais du 19ème siècle. Il serait âgé de 12 ans et ayant perdu ses parents dans un mystérieux incendie se voit devenir l'héritier de l'entreprise de jouet Phantomhive. Il habite dans un mystérieux manoir en compagnie de domestiques. Mais pas n'importe lesquels ! Ils sont tous dérangés ! Pour ainsi dire. Mais l'on apprend aussi par la suite que son fidèle majordome nommé Sebastian est en fait un démon des enfers avec qui il aurait passé un pacte inconnu ! En effet, selon le contrat, il lui aurait offert son âme en échange de sa protection jusqu'à sa mort. Le signe du pacte se trouve à son œil droit qu'il garde toujours caché sauf lorsqu'il a besoin de faire appel à son majordome protecteur. C'est ainsi que Ciel et son majordome se mettent à résoudre différentes énigmes de meurtres, etc... sur ordre de la reine... Il est aussi très perspicace et sûr de lui (pour son âge) lorsqu'il s'agit de mener l'enquête...

Néanmoins le mystère reste omniprésent dans la série. Pourquoi Ciel a-t-il donc passé un tel pacte ? Qu'est-il vraiment arrivé à ses parents ? Quel est donc le mystère pesant sur sa famille ?